При гипотиреозе резко недоразвит весь скелет. Особенно грубые нарушения сопровождают врожденный гипотиреоз, приводящий к кретинизму. Возникает непропорциональная карликовость с резким запаздыванием появления ядер окостенения. Уменьшены размеры мозгового черепа, основание укорочено. Лицевой череп также уменьшен в высоту, но не так резко, как мозговой, а длина нижней челюсти может быть изредка даже увеличена. Средняя зона лица смещена дистально по отношению к основанию черепа. Возникает дистальный, или открытый, прикус. Гониальный угол, как правило, увеличен, а височно-нижнечелюстные суставы смещены вверх и назад в связи с укорочением основания черепа по ТВа. Коронки зубов часто имеют маленькие размеры. Особенно резко недоразвиты верхние боковые резцы. Молочные зубы выпадают поздно, а постоянные прорезываются с запозданием и не в полном объеме.

При гипотиреозе, развившемся в первые годы жизни, наблюдаются такие же нарушения развития черепа, но в меньшей степени. После 12-14 лет гипотиреоз грубых деформаций лицевого черепа не вызывает. А.А. Колесов наблюдал при гипотиреозе мало развитые альвеолярные отростки, седловидную форму нижней челюсти. М.Г. Зарилова, изучив состояние зубочелюстной системы у большой группы больных с гипотиреоидным зобом, отметила у них макроглоссию с увеличением размеров нижней челюсти.

При раннем выпадении функции половых желез у детей обоего пола отмечаются различные нарушения интенсивности и длительности роста всего скелета, в том числе и костей черепа, которые приводят к аномалиям соотношения зубных рядов и нерезко выраженным деформациям. У евнухоидов обнаруживают как пропорциональное уменьшение сагиттальных размеров лицевого черепа, так и изолированное укорочение ветвей нижней челюсти с дистальным прикусом, а иногда и существенное удлинение тела нижней челюсти при сохранении нормальных размеров остальных отделов. А. Дебковский выявил при гипогонадизме высокое, «готическое» небо, массивные челюстные кости и широкие короткие суставные отростки.

При многих эндокринных заболеваниях наблюдается диссоциация зубного и костного возраста.

Наряду с описанными деформациями при эндокринных заболеваниях часто наблюдаются аномалии прикуса. Акромегалия сопровождается мезиальным прикусом, гипотиреозы — прогнатией или прогнатией в сочетании с открытым прикусом, гипогонадизм иногда также сопровождается открытым прикусом или прогеническим соотношением зубных рядов.