Подавляющее большинство вариантов наследственного гемохроматоза обусловлены мутациями гена ЯРЯ, известны другие формы наследственного гемохроматоза, как правило, их относят к группе наследственных гемохроматозов, не связанных с геном hfe. Ювенильный наследственный гемохроматоз вызывают мутации двух разных генов: гепсидина и гемоювелина. Гемоювелин — это белок, сцепленный с гликозилфосфатидилинозитолом, с выраженной экспрессией в гепатоцитах. Для гемоювелина было описано более 25 мутаций, вызывающих заболевание. Гемоювелин может участвовать в регуляции гепсидина, поскольку у пациентов с наследственным гемохроматозом, связанным с геном гемоювелина снижена экспрессия гепсидина, что приводит к увеличению всасывания железа. Инактивирующие мутации гена гепсидина также приводят к ювенильному наследственному гемохроматозу.

Две различных мутации ферропортина вызывают наследственный гемохроматоз с аутосомно-доминантным механизмом наследования. Первая мутация приводит к инактивации ферропортина, а вторая препятствует взаимодействию ферропортина и гепсидина. При мутациях, приводящих к инактивации ферропортина, распределение избытка железа по клеткам отличается от распределения при наследственном гемохроматозе, связанном с геном HFE, так как железо прежде всего накапливается в ретикулоэндотелнальных клетках, а не в гепатоцитах. Более того, как правило, сатурация трансферрина ниже, чем при ЯРЯ-гемохроматозе. У пациентов со второй/мутацией ферропортина нет ответа на гепсидин, поэтому у них развивается более классический фенотип наследственного гемохроматоза. В обоих случаях наследственного гемохроматоза, вызванных мутациями ферропортина, экспрессия гепсидина повышена, а не снижена.

Мутация гена, кодирующего рецептор к трансферрину TFR2, приводит к наследственному гемохроматозу с аутосомно-рецессивным механизмом наследования, клиническая картина напоминает наследственный гемохроматоз, связанный с геном HFE. Еще неизвестно, как мутации этого гена приводят к избыточному накоплению железа, возможно, они нарушают распознавание железа гепатоцитами.

Переносчик двухвалентных металлов DMT1 отвечает за захват железа в щеточной каемке кишечника и перенос через мембрану ацидофильных эндосом в клетках, например в эритропоэтических клетках-предшественниках. Известно об отдельных пациентах с тяжелой гипохромной микроцитарной анемией и избыточным содержанием железа, гомозиготных по мутации Глу399Асп. Она расположена в гене, который кодирует переносчик двухвалентных металлов DMT1. Этим можно объяснить различия в накоплении железа, наблюдаемые у этих пациентов наряду с микроцитарной анемией.

Ферритин состоит из двух субъединиц и играет важную роль в накоплении железа и его внутриклеточном распределении. Синтез обеих субъединиц ферритина находится под контролем белков, которые связываются с железорегуляторным элементом на 5 -нетранслируемом участке иРНК Н- и L-субъсдиниц ферритина. Като и соавторы у четырех японцев — членов одной семьи с доминантно наследуемым накоплением железа — нашли единственную точечную мутацию в иРНК железорегуляторного элемента Н-ферритина. При обнаружении мутантной иРНК Н-субъединицы ферритина в культуре клеток отмечают увеличение захвата железа, следовательно, эта мутация может вызывать отложение железа в тканях.