Желудочно-кишечный тракт человека обладает поразительной способностью адаптации по отношению к чрезвычайному разнообразию пищевых продуктов и к различным режимам питания. Имеется сложный комплекс механизмов для регуляции системы пищеварения и функции вегетативной нервной системы, циркулирующих гормонов, локальных нейрональной и эндокринной тканей в стенке кишечника, которые принимают участие в ассоциированном контроле перистальтики, секреции пищеварительных соков, всасывания нутриентов и элиминации пищевых остатков. Существуют также регуляторные механизмы, индуцирующие и подавляющие иммунологические реакции на антигены, попавшие в желудочно-кишечный тракт с продуктами питания.

В настоящее время не представляется возможным отделить функцию пищеварения от иммунологической функции кишечника.

Воздействие антигенов внешней среды делает его существенным компонентом в развитии защитных реакций против патогенных микроорганизмов и многих неорганических веществ. Иммунокомпетентная ткань тракта представлена организованными структурами и отдельными клеточными элементами. Популяция клеток лимфоидной ткани разнородна и состоит из множества групп, подгрупп и клонов клеток с различными функциональными свойствами и специфичностью рецепторов, распознающих антигены. Общее количество клонов лимфоцитов, представляющих собой потомство одной клетки, достигает 107, численность каждого клона может составлять 105 клеток. Кишечник является основной зоной, где в естественных условиях происходит сенсибилизация иммуноцитов, которые затем «оккупируют» другие органы и ткани, и служит отправной точкой для циркуляции клеток между различными органами.

Окружающая среда слизистой оболочки кишечника накладывает определенные ограничения на характер и регулирование иммунных реакций, которые происходят в нем. Тогда как большинство клеток нашего организма находятся в стерильном окружении и подвержены воздействию ограниченного количества антигенов, эпителий желудочно-кишечного тракта отделяет ткани макроорганизма от огромного количества живых и неживых антигенов, несущих признаки чужеродной в генетическом отношении информации, при этом большинство из них безвредны, а иногда и полезны для хозяина.

Пероральное воздействие антигена обычно создает, с одной стороны, местную «слизистую» IgA-защиту и клеточно-опосредованную реакцию, но с другой — и системную толерантность или гипореактивность — подавление последующей выработки антигекоспецифических антител классов IgG и IgM и развития клеточно-опосредованного иммунитета. Эта дихотомия зависит от иммунорегулирующих функций слизистой оболочки лимфоидной ткани.

Последняя образует важный лимфоидный орган в организме. Лимфоциты распределяются в значительных количествах в собственной пластинке и в меньших количествах — в эпителии. Собственная пластинка также содержит много изолированных лимфоидных фолликулов, сосредоточенных в основном в пейеровых бляшках, аппендиксе и миндалинах. В настоящее время очевидно, что слизистая оболочка лимфоидной ткани имеет уникальную структуру и функционально отличается от общей иммунной системы. В эпителии преобладают Т-лимфоциты, большинство из которых имеет супрессорные — цитотоксические маркеры. Собственная пластинка содержит гетерогенную группу клеток, в том числе В- и Т-лимфоциты, макрофаги, моноциты и большое число плазматических клеток, секретирующих иммуноглобулины, особенно IgA.