Иммуногенетику можно считать самостоятельной наукой с момента открытия комплекса тканевой гистосовместимости у мышей. Понятие о главном комплексе гистосовместимости МНС сформировалось на основе открытия аналогичных ей систем у ряда других животных. У человека МНС получил название HLA.

Учение о системе генов, контролирующих синтез антигенов гистосовместимости, за последние десятилетия вышло за рамки трансплантационной иммунологии. Многие исследователи ставят вопрос об ответственности МНС за взаимодействие не только между иммунокомпетентными клетками, но и между любыми клетками организма, и о том, обеспечивается ли при этом функциональная целостность последнего. С этих позиций кооперация клеток при иммунологических реакциях представляет собой всего лишь частный случай межклеточных взаимодействий. Установлено, что антигены МНС человека участвуют в физиологических феноменах, не имеющих прямого отношения к иммунитету: в продукции гормонов, миграции клеток, процессах старения. Антигены МНС экспрессированы не только на иммунокомпетентных, но и на многих других клетках. Гены системы HLA и их антигены принимают самое непосредственное участие на всех стадиях иммунного ответа.

В частности, установлено, что сам факт реакции со стороны иммунной системы на антиген не возможен без системы МНС, ибо как чужеродная распознается не сама молекула антигена, а ее комплекс с собственной молекулой белка, являющейся продуктом МНС организма, в который проник антиген. Кооперация клеток в иммунном ответе, участие Т-хелперов и Т-супрессоров обеспечиваются антигенами системы HLA. Прослежена также связь последней с функцией отдельных механизмов иммунной системы. Например, выявлена связь между экспрессией антигенов HLA-А1, В8, DR3 в составе фенотипа и повышенной иммунологической реактивности. Наконец, эффекторные механизмы, в частности Т-киллеры, атакуют мишень при непосредственном участии HLA-антигенов.

В настоящее время в основном закончено картирование генов системы HLA, которая локализуется на коротком плече справа от центромеры VI аутосомной хромосомы и занимает расстояние около 2 сантиморган между генами, кодирующими гипоксолазу и мочевой пепсиноген. В пределах системы HLA могут разместиться около 105-106 генов.

Гены, кодирующие антигены системы HLA, принято делить на 4 класса. К 1-му относят локусы А, В и С, ко 2-му — структуры D-области, в которых в свою очередь выделяют 4 сублокуса: HLA — D, HLA — DR, HLA — DQ и HLA — DP. В состав 3-го класса входят гены компонентов комплемента С2, С4а, С4ь, пропердиновый фактор Bf. Наконец, к 4-му классу условно отнесены гены, связь которых с системой HLA еще нуждается в доказательствах.

В биохимическом отношении HLA-антигены 1-го и 2-го классов состоят из двух почти равных гликополипептидных цепей а с относительной молекулярной массой 33-35 и цепей р с относительной молекулярной массой 28-31. Каждая цепь состоит из двух наружных доменов, имеет трансмембранную гидрофобную часть и цитоплазматический участок цепи. Различия аминокислотных последовательностей, характерные для определенных антигенов HLA, сосредоточены в доменах ai и Pi, в то время как домены 0.2 и р2 обладают более постоянным аминокислотным составом и имеют выраженную гомологию с Рг-микроглобулином. Эти черты строения сходны со структурными особенностями иммуноглобулинов, что дает основание ряду исследователей постулировать общность эволюционного генеза иммуноглобулинов и антигенов системы HLA. При этом распознавательная функция последних считается эволюционно более древней, нежели распознавание с помощью антител.