Зидовудин был первым антивирусным препаратом, применявшимся для лечения ВИЧ-инфекции. Клинические испытания зидовудина (по сравнению с плацебо) при СПИДе показали значительное улучшение показателей выживаемости среди пациентов, принимавших препарат. Эти результаты были встречены с большим энтузиазмом. В течение нескольких последующих лет было создано много антивирусных препаратов с тем же механизмом действия. К сожалению, они лишь частично подавляли активность вируса. Через несколько недель или месяцев лечения репликация и мутация ВИЧ способствовали развитию резистентности к лекарственным препаратам, и ВИЧ-инфекция прогрессировала.

В середине 90-х годов XX века стали доступными новые классы антиретровирусных препаратов (ингибиторы протеазы и ненуоклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы). Клинические испытания подтвердили существенное повышение эффективности в случаях, когда эти лекарственные средства использовались в комбинациях из трех или более препаратов. Первоначальный скептицизм в отношении лечения ВИЧ-инфекции сменился излишне восторженными заявлениями о том, что СПИД скоро станет излечим.

Хотя сейчас понятно, что существующие методы терапии не излечивают ВИЧ-инфекцию, применение комбинаций антиретровирусных препаратов очень существенно снижает репликацию вируса. Такие комбинации препаратов получили название высокоактивной антиретровирусной терапии (ВААРТ). Эффективная антиретровирусная терапия останавливает развитие иммунных нарушений, приводит к значительному восстановлению иммунной системы и увеличению количества клеток С04 до нормы. У пациентов, которые раньше на поздних стадиях СПИДа становились инвалидами, может наступить значительное улучшение состояния с восстановлением функционирования и контролем или излечением инфекционных осложнений. Появление новых эффективных препаратов сопровождалось быстрым снижением показателей госпитализации по поводу СПИДа и значительным снижением смертности вследствие этого заболевания.

Современные методы терапии не излечивают ВИЧ-инфекцию, однако позволяют ее контролировать таким образом, что она становится хроническим заболеванием. Первоначальный энтузиазм, связанный с появлением антиретровирусных препаратов, уменьшился в связи с выраженной токсичностью этих препаратов и с большими трудностями у пациентов с приверженностью к сложным и длительным схемам лечения. Это означает, что решение о начале ВААРТ должно быть тщательно взвешенным, с учетом рисков и преимуществ для каждого отдельного пациента. Современные методические указания рекомендуют назначать антиретровирусную терапию всем пациентам с оппортунистическими инфекциями или с тяжелыми заболеваниями, связанными с ВИЧ-инфекцией, а также пациентам со значительным снижением иммунитета (количество клеток С04 < 200). 

С другой стороны, большинство экспертов рекомендуют тщательное клиническое наблюдение пациентов с количеством клеток СВА больше 350 без ВААРТ. Существуют разногласия в отношении организации помощи пациентам, у которых количество клеток СВ4 составляет от 200 до 350. Некоторые специалисты высказываются в пользу назначения терапии, другие — в пользу клинического наблюдения, отодвигая как можно дальше назначение препаратов. Учитывая такую неопределенность, решение следует принимать с учетом желания пациента, его мотивации и готовности принимать терапию.

Кроме того, возможным показанием для лечения ВИЧ-инфекции является беременность. В первых клинических испытаниях зидовудина для профилактики перинатальной передачи ВИЧ выявлено уменьшение количества случаев перинатальной инфекции на 70%. После этого было проведено множество клинических испытаний эффективности разных схем лечения. Комбинации современных антиретровирусных препаратов позволяют снизить частоту перинатальной передачи ВИЧ до 2% и менее.