Диагноз ВИЧ-инфекции наиболее трудно установить в первые месяцы жизни. Присутствие или отсутствие антител к ВИЧ у новорожденного отражает только материнский серологический статус. Иммуноглобулин G (IgG) активно транспортируется через плаценту к внутриутробному плоду, таким образом, положительный результат теста на антитела к ВИЧ при рождении не подтверждает инфекцию у ребенка, однако действительно отражает наличие антител IgG у матери. Серореверсия антител у неинфицированных детей происходит примерно к 8 и определенно — к 15 месяцам жизни. У инфицированных же детей в первые месяцы жизни начинается выработка собственного иммуноглобулина, и эти антитела остаются в наличии, в то время как материнские постепенно исчезают. У небольшого числа детей с чрезвычайно агрессивно протекающим заболеванием и нарушением питания антитела не вырабатываются, и они остаются серонегативными несмотря на инфекцию. 

В возрасте старше 15 месяцев положительный результат серологического теста уже можно расценивать как истинное свидетельство инфицирования ребенка. Однако отрицательный результат теста у ребенка с выраженными проявлениями заболевания и особенно с нарушением питания может быть ложноотрицательным. Лучшими тестами для диагностики детей грудного возраста являются выделение культуры вируса или тест на антиген — ПЦР-анализ для определения дезоксирибонуклеиновой (ДНК) или рибонуклеиновой (РНК) кислоты. В настоящее время рекомендуется проводить скрининг новорожденных при рождении с помощью ПЦР на ДНК ВИЧ, а впоследствии — периодически путем ПЦР на РНК ВИЧ. ПЦР обходится дешевле и быстрее дает результат, чем культивирование вируса. Факт инфицирования считается установленным, только если два отдельных теста на двух разных образцах дают положительный результат.

У детей, рожденных от ВИЧ-инфицированных матерей, следует также начинать профилактику триметопримом/сульфаметоксазолом (TMP/SMX) в возрасте примерно 4-6 недель. Эта рекомендация основывается на наблюдении относительно того, что у некоторых инфицированных детей грудного возраста еще до установления точного диагноза ВИЧинфекции возникает пневмоцистная пневмония. Если установлено, что ребенок не инфицирован, применение препаратов прекращается. У ВИЧ-положительного ребенка следует продолжать профилактику TMP/SMX до достижения им возраста 1 года. Необходимость продолжения лечения после одного года терапии определяется иммунным статусом инфицированного ребенка.

Вся другая педиатрическая помощь должна предоставляться в обычном объеме. В первый год жизни дети должны получить все стандартные прививки, независимо от их серологического статуса, включая инактивированную полиомиелитную вакцину (ИПВ), вакцину против коклюша-дифтерии-столбняка (АКДС), гепатита В, пневмококковую, против гемофильной инфекции типа В (HIB) и против кори-паротита-краснухи (КПК), в соответствующие возрастные периоды. Единственной прививкой, которой у инфицированных и грудных, и старших детей следует избегать, является прививка против ветряной оспы, поскольку она делается живой вирусной вакциной. Однако у детей с адекватной иммунной функцией можно подумать о включении в ряд прививок и этой вакцины. КПК же применяется (несмотря на свою принадлежность к живым вирусным вакцинам) и демонстрирует хороший уровень безопасности. Контакт ВИЧ-инфицированного ребенка, не имеющего поствакцинального иммунитета, с активными случаями ветряной оспы или кори является показанием к обеспечению пассивной защиты путем применения ветряночного или коревого иммуноглобулина, так как эти инфекции могут угрожать жизни ребенка с выраженным иммунодефицитом. Ежегодно дети должны подвергаться вакцинации против гриппа. Неинфицированные дети, проживающие в семье, где есть инфицированные взрослые, должны получать тот же спектр вакцин — с избеганием оральной вакцины против полиомиелита, которая более не является стандартной в этой стране.

С разработкой высокоактивной антиретровирусной терапии (ВААРТ) против ВИЧ повысилась долговременная выживаемость и взрослых, и детей с ВИЧ-инфекцией, быстро прогрессирующее течение заболевания стало наблюдаться у меньшего числа детей. Без лечения ВИЧ-инфекция у детей, инфицированных в перинатальном периоде, обычно проявляется клинически в первые годы жизни. Клинический диагноз ВИЧ-инфекции можно предположить, обнаружив типичные проявления иммунодефицита, такие как недостаточная прибавка массы тела и диарея, либо оппортунистические инфекции, такие как тяжелая упорная молочница (кандидоз). Рецидивирующие бактериальные инфекции — например, средний отит — могут быть первым проявлением прогрессирующего иммунодефицита, связанного с ВИЧ-инфекцией. У некоторых нелеченых детей иногда возникает ВИЧ-ассоциированная энцефалопатия, у других — паротит и диффузная лимфаденопатия с гепатоспленомегалией. Состояние же некоторых детей годами остается удовлетворительным в связи с поддержанием постоянного уровня ВИЧ в сыворотке крови и стабильной функции Т-лимфоцитов; диагноз им устанавливается лишь значительно позже. (Клинические проявления и характеристики тяжести ВИЧ-инфекции у детей по ЦКПЗ см. в главе 25). Решение о начале лечения у детей основывается на уровне вирусной нагрузки и клиническом состоянии ребенка. Для детей с высокой вирусной нагрузкой, которая не падает по истечении первых месяцев жизни, существует наивысший риск быстрого прогрессирования заболевания и смерти в случае отсутствия лечения. 

Выживаемость инфицированных ВИЧ детей, как и выживаемость взрослых с ВИЧ-инфекцией, зависит от комплексных схем антиретровирусной терапии, обычно с применением многих препаратов со значительными побочными эффектами. Если препараты не принимаются регулярно и точно по схеме, быстро развивается резистентность. Проблема приверженности лечению, возможно, является самой серьезной проблемой психологического порядка, с которой сталкиваются дети с ВИЧ. У детей, рожденных в бедности и сложной социальной ситуации, наиболее часто возникают трудности с приверженностью лечению. В одной из серий исследований было обнаружено, что социальная стигма ВИЧ-инфекции, особенно в отношении афроамериканских женщин с детьми, усиливает постоянное чувство угнетенности, социальную изоляцию, бедность и страдания, вызванные фактом инфицирования ВИЧ.