Причинами глубокого прикуса могут быть наследственное предрасположение, нарушение координированной функции жевательных мышц — превалирование функций мышц, поднимающих нижнюю челюсть, по отношению к мышцам, выдвигающим ее, эндокринные расстройства, а также все факторы, ведущие к задержке роста и дистальному положению нижней челюсти. К глубокому прикусу могут привести также кариозное разрушение молочных моляров, их чрезмерное стирание, преждевременная потеря молочных коренных зубов или первого постоянного моляра, частичная адентия, задержка прорезывания верхних передних зубов, неправильное положение их зачатков, вредные привычки.

Перечисленные выше причины приводят к нарушению развития зубов, альвеолярного отростка и челюстных костей, которое проявляется в виде глубокого прикуса и соответствующих деформаций лицевого черепа, большая часть которых уже описана выше.

Глубокий прикус можно выявить у лиц, имеющих дистальное смещение нижней челюсти, при чрезмерном увеличении в высоту переднего отдела верхней челюсти с укорочением задней высоты средней зоны лица.

Встречаются при этом виде соотношения зубных рядов и нижнее зубоальвеолярное удлинение, которое может быть вызвано нарушением прорезывания верхних зубов и беспрепятственным ростом вверх альвеолярного отростка и центральных зубов нижней челюсти. JI.B. Ильина-Маркосян полагает, что причиной подобных зубоальвеолярных удлинений может быть рахит.

Гипертрофию переднего отдела верхней челюсти связывают с наследственным предрасположением, вредными привычками и другими причинами, а задержку роста альвеолярного отростка в боковых отделах тела челюстей в вертикальном направлении — с повышением тонуса жевательных мышц. Известную роль в нарушении роста челюстей могут играть эндокринные расстройства. В этом отношении представляет интерес точка зрения S. Hemley. Он отмечает, что одной из причин глубокого прикуса может быть нарушение функции паращитовидной железы. При этом, как известно, наряду с изменением кальциевого обмена наблюдается повышение тонуса мышц, в том числе и жевательных. В результате этого при жевании и глотании альвеолярные отростки челюстей испытывают большое давление в вертикальном направлении. В периоде активного роста организма такое чрезмерное давление, по мнению автора, задерживает развитие альвеолярных отростков в боковых отделах челюстей, что и приводит к глубокому прикусу.