Степень прогрессирования ВИЧ-инфекции у женщин и мужчин, очевидно, схожая, однако в нескольких исследованиях установлено, что показатели выживаемости ниже у женщин. Эти различия в основном объясняются не биологическими факторами, а социально- экономическими, стадией болезни и доступностью медицинской помощи. В крупном когортном исследовании, проведенном в конце 1980-х годов, было выявлено, что трехкратное расхождение смертности вследствие ВИЧ-инфекции было связано в основном со стадией болезни (56% избыточного риска), возрастом (12%), этнической принадлежностью (11%), путем передачи вируса (8%), полом (8%) и взаимосвязью между этими факторами (5%). 

Последующее крупное многоцентровое исследование, проведенное в разных пунктах и городах, было посвящено изучению показателей смертности среди ВИЧ-инфицированных женщин и мужчин в каждой из шести страт, выделенных по содержанию СБ4-лимфоцитов в крови и скорректированных на возраст, этническую принадлежность, способ передачи вируса, употребление внутривенных наркотиков и показатель Кагпо£зку (в баллах). Было установлено, что степень прогрессирования болезни у мужчин и у женщин схожая, но смертность была выше среди последних, особенно среди афроамериканок и употребляющих внутривенные наркотики, хотя случаи смерти в основном объяснялись причинами, не связанными с ВИЧ. Утверждается, что повышенная смертность является следствием социально-экономических факторов, включающих нищету, бездомность, домашнее насилие, злоупотребление психоактивными веществами, отсутствие социальной поддержки, ограниченный доступ к медицинской помощи.

Отмечались гендерные различия биологических маркеров ВИЧ-инфекции, включая содержание С04-лимфоцитов и уровень рибонуклеиновой кислоты (РНК) ВИЧ в плазме крови, однако значимость их неясна. У неинфицированных женщин содержание СБ4-лимфоцитов выше, чем у неинфицированных мужчин, и у инфицированных женщин этот показатель остается выше, чем у инфицированных мужчин, на протяжении большей части срока болезни. Выяснилось также, что у женщин уровень РНК ВИЧ ниже, чем у мужчин, при одинаковом содержании С04-лимфоцитов, хотя это различие нивелируется, когда количество СЭ4-лимфоцитов достигает менее 200  106/л. Однако при этом не было установлено, что степень прогрессирования болезни и уровень выживания среди мужчин и женщин при таких количествах С04-лимфоцитов или при таких концентрациях РНК ВИЧ различается. Таким образом, рекомендации в отношении начала антиретровирусной терапии для разных полов ничем не различаются. Однако в некоторых исследованиях показано, что у женщин прогрессирование заболевания до развития СПИДа может происходить при более высоком содержании С04-лимфоцитов и более низкой вирусной нагрузке, из чего следует, что их, вероятно, следует лечить на более ранней стадии развития ВИЧ-инфекции. Вообще в этой области необходимы дальнейшие исследования.

ВИЧ-ассоциированные заболевания поражают одинаково и мужчин, и женщин. Среди общих проявлений, наблюдаемых в равной степени у представителей обоих полов, — пневмония, вызываемая Pneumocystis jiroved (ранее carinii), кандидоз пищевода, микобактериальные инфекции, бактериальные пневмонии и лимфомы (неходжкинские). У ВИЧ-инфицированных женщин часто встречаются гинекологические инфекции, особенно бактериальный вагиноз, хотя такие же высокие показатели могут быть и в среде женщин, не зараженных ВИЧ, но подвергающихся вторичному риску вследствие демографических и поведенческих факторов. 

Было установлено, что у ВИЧ-инфицированных женщин повышен риск развития рака шейки матки, вследствие чего в 1993 году его включили в перечень СПИД-определяющих состояний. У этих женщин чрезвычайно высока заболеваемость вирусом папилломы человека (ВПЧ), передающимся половым путем ДНК-вирусом, ответственным за большинство случаев рака шейки матки, и высокий показатель патологических изменений плоского эпителия шейки матки. Инфекции, обусловленные вирусом папилломы человека, коррелируют с низким содержанием С04-лимфоцитов в крови и повышенным уровнем РНК ВИЧ. Среди ВИЧ-инфицированных женщин инфекции, обусловленные вирусом папилломы человека, более устойчивы, чем у незараженных, и вероятность распространения инфекции за пределы шейки матки, во влагалище и женские наружные половые органы, выше. Кроме того, чаще встречаются инфекции, вызванные штаммами ВПЧ-16 и ВПЧ-18, которые больше всего ассоциируются с раком шейки матки.