Природные антикоагулянтные системы удобно разделять на два класса: циркулирующие как ингибиторные разновидности и активирующиеся во время коагуляции. Из требующих активации лучше всего изучен протеин С, который, как и факторы VII и X, является витамин К-зависимым зимогеном и активируется посредством ограниченного протеолиза. Активация протеина С происходит под влиянием тромбина, образующего комплекс с эндотелиальным поверхностным протеином тромбомодулином. Когда тромбин состоит в этом комплексе, субстрат специфичности тромбина изменяется, так что он активирует протеин С и активируемый тромбином ингибитор фибринолиза, но не образует сгусток фибриногена.

Активированный протеин С является сериновой протеазой, атакующей активированные факторы V и VIII, закрывая таким образом каскад коагуляции. Фактор V Лейдена является генетическим вариантом фактора V, резистентным к протеолизу активированным протеином С. Пациенты с такой мутацией имеют повышенную частоту тромбоза, в основном венозного, хотя у них также повышена частота возникновения серьезных артериальных тромбозов. Это довольно распространенная мутация, выявляемая у 5-6% представителей белой расы. Дефицит протеина С ассоциируется в основном с венозной тромбоэмболической болезнью, хотя были сообщения о случаях артериального тромбоза.

АТИФ — недавно описанный ингибитор фибринолиза, является формой про- карбоксидазы В. Когда он активирован тромбином или комплексом тромбомодулин-тромбин, образующийся в результате фермент атакует карбокситерминальные остатки протеинов, ослабляя связывание с фибрином плазмина/плазминогена и тканевого активатора плазминогена. Таким образом, формирование тромбин-тромбомодулинового комплекса приводит к образованию антикоагулянта, активированного протеина С и антифибринолитических разновидностей АТИФ. Очевидно, разделить эти феномены относительно тромбогенеза будет очень сложно.

Кровь также содержит ингибиторный протеин — ингибитор пути тканевого фактора, функционирование которого является сложным. ИПТФ характеризуется умеренной аффинностью кТФ и, таким образом, не оказывает непосредственного ингибиторного действия. Наиболее эффективной является форма ИПТФ, связанного с фактором Ха. Этот бинарный комплекс атакуетТФ:/11а, с которыми он формирует неактивный четвертичный комплекс, угнетая инициированную ТФ коагуляцию. Поскольку сообщений о клинических состояниях с дефицитом ИПТФ не было, оценить его роль в профилактике тромбоза сложно. Однако следует отметить, что мыши у которых ген ИПТФ был устранен, погибают внутриутробно.

Еще одним важным циркулирующим антикоагулянтом является антитромбин III, формирующий стабильный комплекс с несколькими коагуляционными ферментами, прежде всего тромбином и активированным фактором X. Эта реакция значительно ускоряется гепарином и подобными субстанциями и является механизмом, посредством которого гепарин оказывает антикоагулянтное действие. Как и дефицит протеина С, дефицит антитромбина III ассоциируется в основном с венозным тромбозом. В то же время, недавно полученные данные свидетельствуют о том, что низкие уровни этого протеина свидетельствуют о риске возникновения будущих сердечных событий.

Подобно тому, как коагуляция вовлекает в процесс множественные энзиматические и регуляторные протеины, фибринолиз — процесс лизирования фибрина с целью восстановления кровотока — также вовлекает множественные протеины и реакции, подробное описание которых выходит за пределы этого раздела. Плазминоген является циркулирующим зимогеном плазмина, сериновой протеазой, имеющей высокую специфичность к фибрину. Он активируется in vivo активаторами плазминогена, которые при ишемии высвобождаются из тканевых запасов. Из зимогена плазминогена активаторы генерируют плазмин, активный фибринолитический фермент. Ингибиторы активации плазминогена 1 и 2 противодействуют активации плазмина и оказывают, таким образом, протромботическое действие. Эти ингибиторы являются основными компонентами фибринолитической системы, ассоциирующейся с риском тромбообразования. Интересно, что хотя пациенты с гемофилией А защищены от возникновения инфаркта миокарда, наследственное отсутствие фактора XI не обеспечивает такой защиты.